한국연구재단은 한국과학재단，한국학술진흥재단，국제과학기술협력재단 등 기존 3개 연구지원기관이 통합돼 단일 기관으로 재정립되고 있다. 이를 토대로 우리나라 인문과학，사회과학，자연과학，응용과학을 아우르는 새로운 전문연구 지원기관의 탄생에 대한 각 분야 연구자들의 기대가 크다. 기대만큼 우려 또한 큰 게 사실이다.

통합 재단 출범을 앞두고 재단이 해야할 몇가지 과제를 제시한다. 우선 '다양성 속의 유사성'이라는 개념으로 그 통합성을 중시해야 한다. 비록 인문과학，사회과학，자연과학，응용과학 등 서로 다른 분야를 연구하겠지만 국가적 연구지원이라는 하나의 틀아래 이뤄지고 있기 때문이다. 그렇다고 재단은 다양한 분야 사이의 분배나 갈등의 봉합에만 치중해서는 안된다. 확고한 전문성을 발휘하는 분배 · 조정기능에도 힘을 쏟아야 한다. 이를 위해 기획，평가，관리하는 연구지원사업의 특성을 살리는 합리성과 전문성을 확보해야 한다.

즉 세 기관이 각자의 고유기능에만 집착한다면 재단의 통합성이 상실된다. 만약 통합성을 강조한 나머지 각 기관의 고유사업에 대한 특성을 잃어버린다면 재단의 전문성 또한 상실될 것이다. 따라서 재단이 새로 자리매김하기 위해선 각종 연구지원사업의 특성을 살릴 수 있는 지혜가 필요하다. 세 기관의 역사와 인적 구성과 조직생리의 차이점 등은 재단의 출범 이후에도 계속 고민해야 할 '통합성 속의 개별성'문제다.

재단의 핵심 기능은 각종 연구사업의 지원이다. 지원하기 위해서는 평가가 필수다. 따라서 재단은 연구지원기능과 평가기능의 사이에서 효율성의 딜레마에 빠지기 쉽다. 예컨대 신진연구자 지원사업과 같은 특정사업에서 그 선정률이 일반연구자 지원사업보다 훨씬 낮은 경우가 허다하다. 이는 연구지원사업을 관장하는 분야별 전문가인 PM(Program Manager)의 연구지원기능과 자율성을 확대하면 해결할 수 있다고 생각한다. 평가는 객관적이며 투명해야 하며 그 결과를 모든 지원 신청자가 공유할 수 있어야 한다. 객관적 자료를 토대로 과학적 평가체계를 구축하면 '평가의 과학성'이 주는 긍정적 효과를 얻을 것으로 본다.

끝으로 재단은 그 수요자인 연구자에게 안정성을 심어줘야 한다. 연구지원의 결과가 일관되게 안정적으로 유지되리라는 믿음이 있어야만 연구자들이 연속성과 안정성을 얻을 수 있기 때문이다. 큰 연구자는 큰 연구비를,작은 연구자는 작은 연구비를 안정적으로 지원하는 것이 관건이다. 연구지원사업에서 안정성을 확보하려면 도덕적 기반이 중요한 요소가 된다. 재단의 도덕성이 의심받으면 연구자들의 비합리적 기대와 쏠림으로 불안정성이 더욱 확대될 뿐이다.