기업이 임직원에게 스톡옵션(주식매수선택권)을 부여했을 때 비과세 한도(1인당 연간 5000만원)를 초과하는 금액에 대해 무조건 세금을 부과할 수 없다는 대법원의 첫 확정판결이 나왔다. 그동안 5000만원까지는 법인세법 제52조가 적용되지 않고 비과세됐지만,한도 초과분은 통상 기업의 수익(익금)으로 산입돼 법인세가 부과됐다.

이에 따라 스톡옵션 부여 시점이 2000~2001년(조세특례제한법 제15조 개정 전)이고 스톡옵션 행사가 2007년 1월1일 이후였다면 기업들은 이미 낸 법인세를 돌려달라고 요구할 수 있게 됐다.

대법원 3부(주심 안대희 대법관)는 삼성엔지니어링이 스톡옵션 비과세 한도를 넘는 금액에 대해 납부한 법인세 6100여만원을 환급해 달라며 역삼세무서장을 상대로 낸 법인세감액경정거부처분 취소청구소송에서 원고 승소 판결한 원심을 최근 확정했다.

삼성엔지니어링은 2000년 3월 회사 임원 2명에게 기명식 보통주 3만주에 대한 스톡옵션을 부여했다. 이때 체결한 계약에 따르면 행사가격은 주당 6300원,행사시기는 2003년 3월부터 2010년 3월까지 7년이었다. 2005년 9월 한 임원은 1만주에 대해,다른 임원은 같은해 11월 2만주에 대해 계약대로 주당 6300원에 스톡옵션을 행사했고 삼성엔지니어링은 취득해 둔 자기주식 총 3만주를 이들에게 교부했다. 이들이 스톡옵션을 행사한 날 삼성엔지니어링 주가는 각각 1만9800원(9월),2만4500원(11월)이었다.

다음해 3월 삼성엔지니어링은 1인당 5000만원의 한도를 초과하는 2억5000여만원을 손금불산입(비용 불인정) 처리한 다음 이에 대한 법인세 6100여만원을 냈다. 그러다가 2008년 삼성엔지니어링은 착오로 법인세를 납부했다며 이미 낸 세금을 환급해 달라고 역삼세무서에 청구했다.

하지만 역삼세무서는 이를 거부했고,이후 조세심판원도 청구를 기각하자 삼성엔지니어링은 역삼세무서장을 상대로 소송을 냈다.

대법원은 "5000만원 한도 내에서 기업에 비과세 특례를 주는 옛 조세특례제한법 해당 조항을 특례 한도 초과 금액에 대해 법인세법을 따져보지 않고 과세해야 한다는 취지로 해석할 수 없다"고 밝혔다.

재판부는 "1인당 5000만원을 초과하는 경우에는 원칙으로 돌아가 법인세법 제52조의 적용대상이 되는지 여부를 따져봐야 한다"며 "스톡옵션이 부여된 시기에 저가양도 등 부당행위가 없었다면 문제가 없다"고 판시했다.

법무법인 율촌의 강석훈 변호사는 "이번 대법원 판결은 비과세 대상 한도가 넘어갔을 때 해당 금액을 익금(수익)에 산입하지 말고 다시 법인세법에 따라 판단해야 한다는 취지"라고 설명했다.

이고운 기자 ccat@hankyung.com